1685 vers 1991
En 1685, la paix fut brisée avec l'arrivée des impitoyables Mongols Oirats de Dzoungarie, qui amenèrent de nombreux Kirghiz à fuir vers le sud, dans le Tadjikistan actuel. Suite à la défaite des Oirats face aux Mandchous (Qing), les Kirghiz devinrent de facto sujets des Chinois mais, dans l'ensemble, ces derniers les laissèrent à leur vie de nomades. Au XVIIIe siècle, les tentacules féodales du khanat de Kokand commencèrent à menacer les tribus kirghizes, mais ces dernières leurs résistèrent farouchement depuis leurs redoutes du Tian Shan. Voyant les Russes se rapprocher, plusieurs chefs kirghiz conclurent au XIXe siècle leurs propres accords de paix avec Kokand ou
La redistribution des terres aux colons russes ne rencontra tout d'abord pas beaucoup de résistance de la part des Kirghiz, cependant en 1916, éclata une révolte qui fut sauvagement réprimée par l'armée russe. En 1918, les terres kirghizes furent rattachées à
Malgré la majorité conservatrice à la tête du Kirghizistan lors de la perestroika de Mikhaïl Gorbatchev, un mouvement en faveur de réformes sociales vit le jour, certains activistes allant même jusqu'à s'emparer des terres inexploitées pour y construire des logements. Ce furent d'ailleurs des questions de terre et de logements qui furent à l'origine des pires violences "ethniques" qui eurent lieu en Asie centrale entre Ouzbeks et Kirghiz, en 1990, dans les environs d'Och. En février 1990, les élections organisées au Soviet suprême kirghiz virent, bien entendu, la victoire écrasante du parti communiste kirghiz (KCP), qui remporta la presque totalité des sièges. Après plusieurs scrutins, ce fut un physicien, Askar Akaev, qui, dans un souci d'ouverture, fut nommé président.